Algoritmi e strutture dati: Bioinformatica

Fabrizio Luccio      Tel. 0502212720

I corsi del primo biennio

Conoscere alcuni concetti e problemi di base della biologia molecolare e approfondirne i legami scientifici con l'informatica. Conoscere algoritmi e metodi per la risoluzione di problemi di biologia molecolare con mezzi informatici. Fare pratica di impiego delle basi di dati biologiche e dei programmi di elaborazione disponibili in rete.

Studio elementare delle strutture genomiche e dei problemi computazionali a esse associati. Analisi e applicazione di algoritmi di ricerca e confronto su sequenze. Studi di filogenesi e relativi algoritmi e programmi disponibili. Studio combinatorio dell'evoluzione genomica. Test ed elaborazioni su dati biologici disponibili sulla rete Internet.

Elementary study of genomic structures and related computational problems. Analysis and application of algorithms for sequence search and comparison. Algorithms and programs for phylogenetic studies. Combinatorial analysis of genome rearrangement. Tests and data processing on biological data bases in Internet.

1. Basic concepts of molecular biology: - Proteins - Nucleic acids - The mechanisms of molecular genetics - How the genome is studied 2. Sequence comparison and database search - Comparing two sequences - Comparing multiple sequences - Pam matrices, BLAST and FAST 3. Fragment assembly - Models and algorithms 4. Phylogenetic trees 7. Genome rearrangement - Oriented blocks - Unoriented blocks - Extension

Testo: J. Setubal, J. Meidanis, "Introduction to Computational Molecular Biology", PWS, Boston 1997. Articoli e rapporti distribuiti a lezione.

Orale sul programma, o seminario su un argomento specifico, o progetto di laboratorio.