corso |
Codice: | AA252 | Crediti: | 6 | Semestre: | 1 | Sigla: | BIO | |
Settore disciplinare: | INF/01 - Informatica |
- BREVE INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE: Il DNA. Le proteine. La cellula. La sintesi proteica.
- PATTERN MATCHING: Matching Esatto. Algoritmo Boyer-Moore. Algoritmo MP e KMP.
- ESTRAZIONE DI MOTIVI: Algoritmo KMR per l'estrazione di motivi esatti e sue varianti per i motivi approssimati. La struttura dati suffix tree e suo uso nell'estrazione di motivi esatti e approssimati.
- ALLINEAMENTI DI SEQUENZE: Metodo di Programmazione dinamica per allineamento locale e globale. Longest Common Subsequence. Allineamenti multipli.
- FRAGMENT ASSEMBLY: Importanza del problema nel sequenziameno di genomi. Possibili approcci e complicazioni. Suo legame con il problema "Shortest common superstring". Soluzione greedy.
- GENOME REARRANGEMENT: Problemi di sorting: (signed) reversal e transposition. Breakpoint distance. Transformation distance.
- RICOSTRUZIONE DI ALBERI FILOGENETICI: Metodi basati su caratteri. Metodi basati su distanze.
Ore lezione: | 48 |